연세대학교 젠더연구소는 2007년 3월에 신설되었으며, 여성학 연구 및 정책개발에 좀 더 집중하기 위해 <여성인력개발연구원>을 승계하여 명칭을 변경하였습니다. 2002년 12월에 개원한 <여성인력개발연구원>이 연세대학교 여학생들의 서회진출과 관련된 교육 훈련 및 연구 등을 수행할 목적이었다면, 본 연구소는 연세대학교 여성학 커뮤니티를 활성화하고 연구자들을 지원하는 학술 활동을 강화하는 등의 연세대학교의 젠더 정책을 개발하는데 그 목적을 두고 있습니다. 

   <여성인력개발연구원>은 당시 연세대학교 여학생들의 진로 개발을 위해, 대학교 측의 지원을 이끌어내기 위한 목적으로 신설되었고, 그 동안 '여대생 커리어 개발 교육 프로그램'을 개발하여 여학생들의 능력을 개발하였습니다. 그리고 이에 연세대학교 여학생들의 사회진출 확대를 도모하여, 지식기반 사회에서 요구되는 선진적인 여성지도자의 배출이라는 목적을 갖고 여학생들에 대한 전문적인 지원체계를 구축해왔습니다.

<여성인력개발연구원>의 사업은 여대생들에게 체계적이고 실용적인 지원을 제공한다는 점에서 '성공적'이라는 평가를 받았으나, 끊임없이 재원을 확보하기 위해 여성부나 교육부 사업에 의존해야 한다는 점과 공모 사업이 갖는 불예측성, 재원확보의 어려움 등에 대한 문제에 당면하기도 했습니다. 또한 일각에서는 여성학적 관점이 없는 주류화 교육의 문제점이 지적되기도 했습니다.

   연세대학교의 조직 재편 과정에서 <여성인력개발연구원>이 수행하던 프로그램은 <연세대학교 리더십 센터>의 여성 리더십 프로그램으로 재편되었고, 연구 및 학술 기능은 <젠더연구소>를 통해 강화하기로 하면서 재편이 이루어졌습니다
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